V Beuronu je horní Dunaj jako úzká říčka teprve 70 kilometrů dlouhá. Zde byl dle pověsti založen 1. klášter již v roce 777, ale 1. písemný doklad o klášteru pochází až z 1097, což z ho stejně řadí k nejstarším augustiniánským klášterům v Německu. Dodnes patří pod ochranu svatého Martina z Toursu. Na začátku 19. století byl zrušen, roku 1862 díky donátorce Catherině von Hohenzollern zde založili Placidus a Maurus Wolterové benediktinský klášter, kde slavení liturgie oživili doprovodem gregoriánského chorálu. V roce 1868 byl klášter otevřen novému umění sochaře Petera (P. Desideria) Lenze, který se dopracoval k vlastní umělecké teorii: S pomocí „estetické geometrie, svaté míry a číselných proporcí“ Egypťanů sestavil kánon, s jehož pomocí chtěl vytvořit „svaté umění“.

Beuronští benediktini přišli do Prahy do Emauz roku 1880, když museli v době Bismarckova kulturního boje Beuron opustit. Emauzský klášter pro ně získal pražský kardinál Schwarzenberg. Po 7 letech pobytu v Emauzích jim byl klášter v Beuronu navrácen.
Emauzy se tak staly součástí Beuronské kongregace do roku 1941, kdy nacisté klášter zkonfiskovali. Při spojeneckém náletu v únoru 1945 byl velmi poškozen zejména Emauzský kostel. V 60. letech 20. století byla na emauzském kostele postavena betonová křídla navržená architektem Františkem Černým, která připomínají vztyčená křídla beuronských andělů.
Beuronské malby kostela a Císařská kaple byly obnoveny až po roce 1990.